Test: Difference between revisions

From referenceTSS
Jump to: navigation, search
No edit summary
No edit summary
Line 1: Line 1:
  <html>
<html>
   <head>
<table class="table table-condensed">
    <meta charset="utf-8" />
  <thead>
    <meta
   <tr>
      name="viewport"
  <th style="text-align:right;"> GWAS_trait </th>
      content="width=device-width, initial-scale=1, shrink-to-fit=no"
  <th style="text-align:right;"> pval </th>
    />
  <th style="text-align:right;"> FDR </th>
    <meta name="description" content="" />
  <th style="text-align:right;"> signature </th>
    <meta name="author" content="" />
  <th style="text-align:right;"> tss_set </th>
    <link rel="stylesheet" href="css/bootstrap/bootstrap.min.css" />
  <th style="text-align:right;"> overlap </th>
    <link rel="icon" href="favicon.ico" />
  <th style="text-align:right;"> background </th>
  </head>
  <th style="text-align:right;"> hits </th>
  <div class="">
  </tr>
      <section class="py-5">
</thead>
        <div class="container col-lg-8">
<tbody>
          <nav>
  <tr>
            <div class="nav nav-tabs" id="nav-tab" role="tablist">
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Attention.deficit.hyperactivity.disorder                                                </span> </td>
              <button
  <td style="text-align:right;"> <span>2.0e-08</span> </td>
                class="nav-link active"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #4682b4">3.3e-05</span> </td>
                id="nav-human-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                data-bs-toggle="tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>39</span> </td>
                data-bs-target="#nav-human"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffd27f">5</span> </td>
                type="button"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                role="tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1                                                    </span> </td>
                aria-controls="nav-human"
  </tr>
                aria-selected="true"
  <tr>
              >
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Smoking.status.ever.vs.never.smokers                                                    </span> </td>
                Human
  <td style="text-align:right;"> <span>2.8e-07</span> </td>
              </button>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #4682b4">2.3e-04</span> </td>
              <button
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                class="nav-link"
  <td style="text-align:right;"> <span>300</span> </td>
                id="nav-mouse-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffb01f">8</span> </td>
                data-bs-toggle="tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                data-bs-target="#nav-mouse"
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_4894.1,rfhg_4898.1,rfhg_27279.1,rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1              </span> </td>
                type="button"
  </tr>
                role="tab"
  <tr>
                aria-controls="nav-mouse"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Smoking.initiation.ever.regular.vs.never.regular                                        </span> </td>
                aria-selected="false"
  <td style="text-align:right;"> <span>2.6e-06</span> </td>
              >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #4682b4">1.4e-03</span> </td>
                Mouse
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
              </button>
  <td style="text-align:right;"> <span>404</span> </td>
            </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffb01f">8</span> </td>
          </nav>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
          <div class="tab-content" id="nav-tabContent">
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_143243.1,rfhg_45885.1,rfhg_45886.1,rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1            </span> </td>
            <div
  </tr>
              class="tab-pane fade show active"
  <tr>
              id="nav-human"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Number.of.sexual.partners                                                                </span> </td>
              role="tabpanel"
  <td style="text-align:right;"> <span>3.2e-05</span> </td>
              aria-labelledby="nav-human-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #4883b4">1.3e-02</span> </td>
              tabindex="0"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
            >
  <td style="text-align:right;"> <span>170</span> </td>
              <div class="p-3 p-md-5 bg-light rounded">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffd27f">5</span> </td>
                <div class="row align-items-start">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                  <div class="col-12 col-lg-2 mb-3 mb-lg-0">
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1                                                    </span> </td>
                    <img
  </tr>
                      class="img-fluid"
  <tr>
                      src="landing-page/images/icon-human.svg"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Alcohol.consumption.drinks.per.week                                                      </span> </td>
                      alt=""
  <td style="text-align:right;"> <span>2.1e-03</span> </td>
                      width="80px"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #c3d6e6">6.8e-01</span> </td>
                    />
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                  </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>425</span> </td>
                  <div class="col-12 col-lg-8 mb-3 mb-lg-0">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffd27f">5</span> </td>
                    <div>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                      <h3 class="fw-bold mb-3">Human</h3>
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_4894.1,rfhg_4898.1,rfhg_92120.1,rfhg_92121.1,rfhg_92122.1                                                      </span> </td>
                      <div
  </tr>
                        class="nav nav-pills mb-3 btn-group"
  <tr>
                        id="pills-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Schizophrenia                                                                            </span> </td>
                        role="tablist"
  <td style="text-align:right;"> <span>2.5e-03</span> </td>
                      >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #c3d6e6">6.8e-01</span> </td>
                        <button
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                          class="btn border border-primary nav-link active btn-sm"
  <td style="text-align:right;"> <span>1364</span> </td>
                          id="pills-htss-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffa500">9</span> </td>
                          data-bs-toggle="pill"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                          data-bs-target="#pills-htss"
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_40478.1,rfhg_99382.1,rfhg_99384.1,rfhg_99385.1,rfhg_99386.1,rfhg_99389.1,rfhg_99390.1,rfhg_99391.1,rfhg_99392.1</span> </td>
                          type="button"
  </tr>
                          role="tab"
  <tr>
                          aria-controls="pills-htss"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">HIV.1.control                                                                            </span> </td>
                          aria-selected="true"
  <td style="text-align:right;"> <span>4.9e-03</span> </td>
                        >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                          TSSs
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                        </button>
  <td style="text-align:right;"> <span>50</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #fff3df">2</span> </td>
                        <button
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                          class="btn border border-primary nav-link btn-sm"
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_80360.1,rfhg_80361.1                                                                                          </span> </td>
                          id="pills-hgene-tab"
  </tr>
                          data-bs-toggle="pill"
  <tr>
                          data-bs-target="#pills-hgene"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Urokinase.plasminogen.activator.surface.receptor.levels                                  </span> </td>
                          type="button"
  <td style="text-align:right;"> <span>8.3e-03</span> </td>
                          role="tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                          aria-controls="pills-hgene"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                          aria-selected="false"
  <td style="text-align:right;"> <span>4</span> </td>
                        >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                          Gene
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                        </button>
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_65060.1                                                                                                        </span> </td>
                      </div>
  </tr>
                      <div class="tab-content">
  <tr>
                        <div
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">L.arginine.levels                                                                        </span> </td>
                          class="tab-pane active"
  <td style="text-align:right;"> <span>8.3e-03</span> </td>
                          id="pills-htss"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                          role="tabpanel"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                          aria-labelledby="pills-htss-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>4</span> </td>
                        >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                          <!-- Form TSSs -->
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_65060.1                                                                                                        </span> </td>
                          <form
  </tr>
                            id="hTsspfForm"
  <tr>
                            class="search-form"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Circulating.chromogranin.peptide.levels                                                  </span> </td>
                            name="createbox"
  <td style="text-align:right;"> <span>1.0e-02</span> </td>
                            action="http://10.64.128.90/reftss/Special:RunQuery/TSSQueryFormHuman"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                            method="get"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                          >
  <td style="text-align:right;"> <span>5</span> </td>
                            <fieldset class="form-group">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                              <div class="d-flex row g-3">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                <input
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_65060.1                                                                                                        </span> </td>
                                  type="hidden"
  </tr>
                                  value="Special:RunQuery/TSSQueryFormHuman"
  <tr>
                                  name="title"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Well.being.spectrum.multivariate.analysis                                                </span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span>1.2e-02</span> </td>
                                <input
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                  type="hidden"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                  value="TSSQueryFormHuman"
  <td style="text-align:right;"> <span>229</span> </td>
                                  name="pfRunQueryFormName"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffe8bf">3</span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                <input
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_45885.1,rfhg_45886.1,rfhg_80457.1                                                                              </span> </td>
                                  type="hidden"
  </tr>
                                  value=""
  <tr>
                                  name="pf_free_text"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Interleukin.1.beta.levels                                                                </span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span>1.2e-02</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-md-12">
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                  <label for="hTssTSS" class="form-label"
  <td style="text-align:right;"> <span>79</span> </td>
                                    >TSS ID</label
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #fff3df">2</span> </td>
                                  >
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                  <input
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_11778.1,rfhg_11797.1                                                                                          </span> </td>
                                    class="form-control me-2"
  </tr>
                                    id="hTssTSS"
  <tr>
                                    name="TSS List Human[tss_id]"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Prostate.cancer                                                                          </span> </td>
                                  />
  <td style="text-align:right;"> <span>1.3e-02</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-md-6">
  <td style="text-align:right;"> <span>436</span> </td>
                                  <label for="hTssGene" class="form-label"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffdd9f">4</span> </td>
                                    >Gene Symbol</label
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                  >
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_27238.1,rfhg_27239.1,rfhg_27243.1,rfhg_28908.1                                                                </span> </td>
                                  <input
  </tr>
                                    class="form-control me-2"
  <tr>
                                    id="hTssGene"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Stroke.ischemic                                                                          </span> </td>
                                    name="TSS List Human[gene_symbol]"
  <td style="text-align:right;"> <span>1.4e-02</span> </td>
                                  />
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span>7</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-md-6">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                  <label for="hTssGeneName" class="form-label"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                    >Gene Name</label
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_156440.1                                                                                                      </span> </td>
                                  >
  </tr>
                                  <input
  <tr>
                                    class="form-control me-2"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Male.pattern.baldness                                                                    </span> </td>
                                    id="hTssGeneName"
  <td style="text-align:right;"> <span>1.8e-02</span> </td>
                                    name="TSS List Human[gene_name]"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                  />
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>480</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffdd9f">4</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-12">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                  <button
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_147985.1,rfhg_231387.1,rfhg_109828.1,rfhg_109829.1                                                            </span> </td>
                                    class="search-button btn btn-primary"
  </tr>
                                    type="submit"
  <tr>
                                    title="Search"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Testicular.germ.cell.cancer                                                              </span> </td>
                                    name="wpRunQuery"
  <td style="text-align:right;"> <span>2.3e-02</span> </td>
                                    value=""
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                  >
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                    Search
  <td style="text-align:right;"> <span>11</span> </td>
                                  </button>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                              </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_147985.1                                                                                                      </span> </td>
                            </fieldset>
  </tr>
                          </form>
  <tr>
                        </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">White.coat.effect.clinic.systolic.blood.pressure.minus.ambulatory.systolic.blood.pressure</span> </td>
                        <div
  <td style="text-align:right;"> <span>2.9e-02</span> </td>
                          class="tab-pane"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                          id="pills-hgene"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                          role="tabpanel"
  <td style="text-align:right;"> <span>14</span> </td>
                          aria-labelledby="pills-hgene-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                        >
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                          <!-- Form Gene -->
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_187673.1                                                                                                      </span> </td>
 
  </tr>
                          <form
  <tr>
                            id="hGeneForm"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Renal.underexcretion.gout                                                                </span> </td>
                            class="search-form"
  <td style="text-align:right;"> <span>3.1e-02</span> </td>
                            name="createbox"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                            action="http://10.64.128.90/reftss/Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormHuman"
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                            method="get"
  <td style="text-align:right;"> <span>15</span> </td>
                          >
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                            <fieldset class="form-group">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                              <div class="d-flex row g-3">
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_156440.1                                                                                                      </span> </td>
                                <input
  </tr>
                                  type="hidden"
  <tr>
                                  value="Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormHuman"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Depression.broad                                                                        </span> </td>
                                  name="title"
  <td style="text-align:right;"> <span>3.4e-02</span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                <input
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                  type="hidden"
  <td style="text-align:right;"> <span>338</span> </td>
                                  value="EntrezGeneQueryFormHuman"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffe8bf">3</span> </td>
                                  name="pfRunQueryFormName"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_80360.1,rfhg_80361.1,rfhg_80457.1                                                                              </span> </td>
                                <input
  </tr>
                                  type="hidden"
  <tr>
                                  value=""
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Occipital.lobe.volume                                                                    </span> </td>
                                  name="pf_free_text"
  <td style="text-align:right;"> <span>3.5e-02</span> </td>
                                />
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-md-6">
  <td style="text-align:right;"> <span>17</span> </td>
                                  <label for="hGeneGene" class="form-label"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                    >Gene ID</label
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                  >
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_13513.1                                                                                                        </span> </td>
                                  <input
  </tr>
                                    class="form-control me-2"
  <tr>
                                    id="hGeneGene"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Prostate.specific.antigen.levels                                                        </span> </td>
                                    name="EntrezGene List Human[gene_id]"
  <td style="text-align:right;"> <span>3.7e-02</span> </td>
                                  />
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span>18</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-md-6">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                  <label for="hGeneGeneName" class="form-label"
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                    >Gene Symbol</label
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_147985.1                                                                                                      </span> </td>
                                  >
  </tr>
                                  <input
  <tr>
                                    class="form-control me-2"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Response.to.antidepressants.symptom.improvement                                          </span> </td>
                                    id="hGeneGeneName"
  <td style="text-align:right;"> <span>4.1e-02</span> </td>
                                    name="EntrezGene List Human[gene_symbol]"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                  />
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>20</span> </td>
 
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                <div class="mb-3 col-12">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                                  <button
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_107241.1                                                                                                      </span> </td>
                                    class="search-button btn btn-primary"
  </tr>
                                    type="submit"
  <tr>
                                    title="Search"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Calcific.aortic.valve.stenosis                                                          </span> </td>
                                    name="wpRunQuery"
  <td style="text-align:right;"> <span>4.3e-02</span> </td>
                                    value=""
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                                  >
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                                    Search
  <td style="text-align:right;"> <span>21</span> </td>
                                  </button>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                              </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_18056.1                                                                                                        </span> </td>
                            </fieldset>
  </tr>
                          </form>
  <tr>
                        </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Cognitive.decline.age.related                                                            </span> </td>
                      </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>4.5e-02</span> </td>
                    </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                  </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>22</span> </td>
              </div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
            </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
            <div
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_213299.1                                                                                                      </span> </td>
              class="tab-pane fade show"
  </tr>
              id="nav-mouse"
  <tr>
              role="tabpanel"
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Cancer                                                                                  </span> </td>
              aria-labelledby="nav-mouse-tab"
  <td style="text-align:right;"> <span>4.7e-02</span> </td>
              tabindex="0"
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
            >
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
              <div class="p-3 p-md-5 bg-light rounded">
  <td style="text-align:right;"> <span>23</span> </td>
                <div class="row align-items-start">
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1</span> </td>
                  <div class="col-12 col-lg-2 mb-3 mb-lg-0">
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                    <img
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_13513.1                                                                                                        </span> </td>
                      class="img-fluid"
  </tr>
                      src="landing-page/images/icon-mouse.svg"
  <tr>
                      alt=""
  <td style="text-align:right;"> <span style="bold">Testicular.germ.cell.tumor                                                              </span> </td>
                      width="100px"
  <td style="text-align:right;"> <span>4.8e-02</span> </td>
                    />
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #ffffff">1.0e+00</span> </td>
                  </div>
  <td style="text-align:right;"> <span>500</span> </td>
                  <div class="col-12 col-lg-8 mb-3 mb-lg-0">
  <td style="text-align:right;"> <span>168</span> </td>
                    <div>
  <td style="text-align:right;"> <span style="display: block; padding: 0 4px; border-radius: 4px; background-color: #fff3df">2</span> </td>
                      <h3 class="fw-bold mb-3">Mouse</h3>
  <td style="text-align:right;"> <span>241049</span> </td>
                      <div
  <td style="text-align:right;"> <span>rfhg_174369.1,rfhg_174370.1                                                                                        </span> </td>
                        class="nav nav-pills mb-3 btn-group"
  </tr>
                        id="pills-tab"
</tbody>
                        role="tablist"
</table>
                      >
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link active btn-sm"
                          id="pills-mtss-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-mtss"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-mtss"
                          aria-selected="true"
                        >
                          TSSs
                        </button>
 
                        <button
                          class="btn border border-primary nav-link btn-sm"
                          id="pills-mgene-tab"
                          data-bs-toggle="pill"
                          data-bs-target="#pills-mgene"
                          type="button"
                          role="tab"
                          aria-controls="pills-mgene"
                          aria-selected="false"
                        >
                          Gene
                        </button>
                      </div>
                      <div class="tab-content">
                        <div
                          class="tab-pane active"
                          id="pills-mtss"
                          role="tabpanel"
                          aria-labelledby="pills-mtss-tab"
                        >
                          <!-- Form TSSs -->
 
                          <form
                            id="mTsspfForm"
                            name="createbox"
                            class="search-form"
                            action="http://10.64.128.90/reftss/Special:RunQuery/TSSQueryFormMouse"
                            method="get"
                          >
                            <fieldset class="form-group">
                              <div class="d-flex row g-3">
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value="Special:RunQuery/TSSQueryFormMouse"
                                  name="title"
                                />
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value="TSSQueryFormMouse"
                                  name="pfRunQueryFormName"
                                />
 
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value=""
                                  name="pf_free_text"
                                />
 
                                <div class="mb-3 col-md-12">
                                  <label for="mTssTSS" class="form-label"
                                    >TSS ID</label
                                  >
                                  <input
                                    class="form-control me-2"
                                    id="mTssTSS"
                                    name="TSS List Mouse[tss_id]"
                                  />
                                </div>
 
                                <div class="mb-3 col-md-6">
                                  <label for="mTssGene" class="form-label"
                                    >Gene Symbol</label
                                  >
                                  <input
                                    class="form-control me-2"
                                    id="mTssGene"
                                    name="TSS List Mouse[gene_symbol]"
                                  />
                                </div>
 
                                <div class="mb-3 col-md-6">
                                  <label for="mTssGeneName" class="form-label"
                                    >Gene Name</label
                                  >
                                  <input
                                    class="form-control me-2"
                                    id="mTssGeneName"
                                    name="TSS List Mouse[gene_name]"
                                  />
                                </div>
 
                                <div class="mb-3 col-12">
                                  <button
                                    class="search-button btn btn-primary"
                                    type="submit"
                                    title="Search"
                                    name="wpRunQuery"
                                    value=""
                                  >
                                    Search
                                  </button>
                                </div>
                              </div>
                            </fieldset>
                          </form>
                        </div>
                        <div
                          class="tab-pane"
                          id="pills-mgene"
                          role="tabpanel"
                          aria-labelledby="pills-mgene-tab"
                        >
                          <!-- Form Gene -->
 
                          <form
                            id="mGeneForm"
                            class="search-form"
                            name="createbox"
                            action="http://10.64.128.90/reftss/Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormMouse"
                            method="get"
                          >
                            <fieldset class="form-group">
                              <div class="d-flex row g-3">
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value="Special:RunQuery/EntrezGeneQueryFormMouse"
                                  name="title"
                                />
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value="EntrezGeneQueryFormMouse"
                                  name="pfRunQueryFormName"
                                />
                                <input
                                  type="hidden"
                                  value=""
                                  name="pf_free_text"
                                />
 
                                <div class="mb-3 col-md-6">
                                  <label for="mGeneGene" class="form-label"
                                    >Gene ID</label
                                  >
                                  <input
                                    class="form-control me-2"
                                    id="mGeneGene"
                                    name="EntrezGene List Mouse[gene_id]"
                                  />
                                </div>
 
                                <div class="mb-3 col-md-6">
                                  <label for="mGeneGeneName" class="form-label"
                                    >Gene Symbol</label
                                  >
                                  <input
                                    class="form-control me-2"
                                    id="mGeneGeneName"
                                    name="EntrezGene List Mouse[gene_symbol]"
                                  />
                                </div>
 
                                <div class="mb-3 col-12">
                                  <button
                                    class="search-button btn btn-primary"
                                    type="submit"
                                    title="Search"
                                    name="wpRunQuery"
                                    value=""
                                  >
                                    Search
                                  </button>
                                </div>
                              </div>
                            </fieldset>
                          </form>
                        </div>
                      </div>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </section>
 
      <section class="py-3">
        <div class="container">
          <div class="row">
            <div class="col-12 col-md-6 col-lg-4 mb-5">
              <div class="d-flex">
                <div>
                  <h4>About refTSS</h4>
                  <p class="text-muted">
                    The refTSS is an annotated reference dataset for
                    transcriptional start sites (TSS) in human and mouse. The
                    dataset is generated by collecting, reprocessing and
                    assembling various public resources.
                  </p>
                </div>
              </div>
            </div>
            <div class="col-12 col-md-6 col-lg-4 mb-5">
              <div class="d-flex">
                <div>
                  <h4 contenteditable="false">Data files</h4>
                  <p class="text-muted">
                    The raw refTSS data files are available at
                    <a
                      target="_blank"
                      rel="nofollow noreferrer noopener"
                      class="external text"
                      href="http://10.64.128.90/datafiles"
                      >the data download page</a
                    >.
                  </p>
                </div>
              </div>
            </div>
            <div class="col-12 col-md-6 col-lg-4 mb-5">
              <div class="d-flex">
                <div>
                  <h4>Track Hubs</h4>
                  <ul class="text-muted">
                    <li class="text-muted">
                      <a
                        target="_blank"
                        rel="nofollow noreferrer noopener"
                        class="external text"
                        href="http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgHubConnect?hubSearchTerms=refTss"
                        >refTSS UCSC Genome Browser public track hub description
                        pages</a
                      >
                    </li>
                    <li class="text-muted">
                      <a
                        target="_blank"
                        rel="nofollow noreferrer noopener"
                        class="external text"
                        href="https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hubUrl=http://10.64.128.90/trackhub/hub.txt&amp;genome=hg38&amp;position=lastDbPos"
                        >Human refTSS track hub</a
                      >
                    </li>
                    <li class="text-muted">
                      <a
                        target="_blank"
                        rel="nofollow noreferrer noopener"
                        class="external text"
                        href="https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hubUrl=http://10.64.128.90/trackhub/hub.txt&amp;genome=mm10&amp;position=lastDbPos"
                        >Mouse refTSS track hub</a
                      >
                    </li>
                  </ul>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </section>
 
      <section class="py-1">
        <div class="container">
          <div class="p-md-5 bg-light rounded p-3">
            <div class="row align-items-center">
              <div class="col-12 col-lg-12 mb-3 mb-lg-0">
                <div>
                  <h5 class="fw-bold text-muted">Cite refTSS as</h5>
                  <p class="small">
                    Abugessaisa, I., Noguchi S, Hasegawa A, Kondo A, Kawaji H,
                    Carninci P, Kasukawa T. (2019). "refTSS: A Reference Data
                    Set for Human and Mouse Transcription Start Sites." J Mol
                    Biol. DOI: 10.1016/j.jmb.2019.04.045.
                  </p>
                  <div class="d-flex flex-wrap">
                    <ul class="me-auto list-unstyled d-flex flex-wrap mt-1">
                      <li class="me-4">
                        <span><small>DOI: </small></span
                        ><a
                          class="link-primary"
                          target="_blank"
                          href="https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.04.045"
                        >
                          <span><small>10.1016/j.jmb.2019.04.045</small></span>
                        </a>
                      </li>
 
                      <li class="me-4">
                        <a
                          class="link-success"
                          target="_blank"
                          href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283619302530/pdfft"
                        >
                          <span
                            ><img
                              class="inline-orcid"
                              style="border-width: 0"
                              width="16px"
                              height="16px"
                              src="landing-page/images/open-access.svg"
                            /><small>PDF</small></span
                          >
                        </a>
                      </li>
                      <li class="me-4">
                        <a
                          class="link-primary"
                          target="_blank"
                          href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31075273/"
                        >
                          <span><small>PubMed</small></span>
                        </a>
                      </li>
                      <li class="me-4">
                        <a class="link-primary" href="landing-page/citations.html">
                          <span><small>Citations</small></span>
                        </a>
                      </li>
                    </ul>
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </section>
 
      <section class="py-1">
        <div class="container">
          <div class="p-md-5 rounded p-3">
            <div class="row align-items-center">
              <div class="col-12 col-lg-12 mb-3 mb-lg-3">
                <div>
                  <h5 class="fw-bold text-muted">Papers citing refTSS</h5>
                  <div
                    id="citation-carousel"
                    class="mt-5 mb-3 carousel slide carousel-fad carousel-dark"
                    data-bs-ride="carousel"
                    data-bs-interval="5000"
                  >
                    <div id="citing-papers-slider" class="carousel-inner">
                      <div class="spinner-border" role="status">
                        <span class="visually-hidden">Loading...</span>
                      </div>
                    </div>
                    <button
                      class="carousel-control-prev"
                      type="button"
                      data-bs-target="#citation-carousel"
                      data-bs-slide="prev"
                    >
                      <span
                        class="carousel-control-prev-icon"
                        aria-hidden="true"
                      ></span>
                      <span class="visually-hidden">Previous</span>
                    </button>
                    <button
                      class="carousel-control-next"
                      type="button"
                      data-bs-target="#citation-carousel"
                      data-bs-slide="next"
                    >
                      <span
                        class="carousel-control-next-icon"
                        aria-hidden="true"
                      ></span>
                      <span class="visually-hidden">Next</span>
                    </button>
                  </div>
                  <div class="float-right">
                    <a
                      href="citations.html"
                      class="btn btn-outline-success btn-sm"
                      >View all citations</a
                    >
                  </div>
                </div>
              </div>
            </div>
          </div>
        </div>
      </section>
 
    </div>
    <script src="landing-page/js/bootstrap/bootstrap.bundle.min.js"></script>
    <script src="landing-page/js/nunjucks-slim.min.js"></script>
    <script src="landing-page/data/citation-slider.template.js"></script>
    <script type="text/javascript">
      // Function to show loading spinner on search buttons
      function showLoadingOnButtons(searchButton) {
        // Disable the seacrh button.
        searchButton.disabled = true;
        // Bootstrap spinner.
        const spinnerSpan = `<span class="spinner-border spinner-border-sm" role="status" aria-hidden="true"></span>`;
        // Replace the search button with the spinner and Loading... text.
        searchButton.innerHTML = `${spinnerSpan} Loading...`;
      }
 
      // Function to reset the search button to the original state.
      function resetSearchButton(searchButton) {
        // Enable the search button.
        searchButton.disabled = false;
        // Replace the spinner with the search button text.
        searchButton.innerHTML = "Search";
      }
 
      // Reset the serch buttons and form-groups to their default state on page load, and brownser back button.
      window.onload = window.onpageshow = function () {
        document.querySelectorAll(".search-button").forEach((searchButton) => {
          resetSearchButton(searchButton);
        });
        document.querySelectorAll(".form-group").forEach((formGroup) => {
          formGroup
            .querySelectorAll("input, select, checkbox, textarea")
            .forEach((input) => {
              input.removeAttribute("readonly");
            });
        });
      };
 
      // Select all forms with the class "search-form" and attach a submit event listener to them.
      document.querySelectorAll(".search-form").forEach((form) => {
        form.addEventListener("submit", (event) => {
          // Disable serach button and show the loading spinner on it
          document
            .querySelectorAll(".search-button")
            .forEach((searchButton) => {
              showLoadingOnButtons(searchButton);
            });
          // Make all form inputs read-only, so that the user cannot modify the serach inputs.
          document.querySelectorAll(".form-group").forEach((formGroup) => {
            formGroup
              .querySelectorAll("input, select, checkbox, textarea")
              .forEach((input) => {
                input.setAttribute("readonly", true);
              });
          });
        });
      });
 
      // Alternative approach to the above, but this one is on button click events.
 
      // Selecting all serach buttons and attach a click event listener to them.
      /*  document.querySelectorAll(".search-button").forEach((submitButton) => {
        submitButton.addEventListener("click", showLoadingOnButtons);
      });  */
 
      function renderTemplate(template, data) {
        var renderedTemplate = nunjucks.render(template, data);
        document.getElementById("citing-papers-slider").innerHTML =
          renderedTemplate;
        var myCarousel = document.querySelector("#carouselSlidesOnly");
        var carousel = new bootstrap.Carousel(myCarousel, {
          interval: 5000,
          wrap: false,
        });
      }
      const requestAndRenderJson = async () => {
        const response = await fetch("landing-page/data/citations.json");
        const citationData = await response.json();
        renderTemplate("citation-slider.template.njk", citationData);
      };
      requestAndRenderJson();
    </script>
</html>
</html>

Revision as of 16:59, 4 April 2023

GWAS_trait pval FDR signature tss_set overlap background hits
Attention.deficit.hyperactivity.disorder 2.0e-08 3.3e-05 500 39 5 241049 rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1
Smoking.status.ever.vs.never.smokers 2.8e-07 2.3e-04 500 300 8 241049 rfhg_4894.1,rfhg_4898.1,rfhg_27279.1,rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1
Smoking.initiation.ever.regular.vs.never.regular 2.6e-06 1.4e-03 500 404 8 241049 rfhg_143243.1,rfhg_45885.1,rfhg_45886.1,rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1
Number.of.sexual.partners 3.2e-05 1.3e-02 500 170 5 241049 rfhg_99402.1,rfhg_99403.1,rfhg_99404.1,rfhg_99405.1,rfhg_99407.1
Alcohol.consumption.drinks.per.week 2.1e-03 6.8e-01 500 425 5 241049 rfhg_4894.1,rfhg_4898.1,rfhg_92120.1,rfhg_92121.1,rfhg_92122.1
Schizophrenia 2.5e-03 6.8e-01 500 1364 9 241049 rfhg_40478.1,rfhg_99382.1,rfhg_99384.1,rfhg_99385.1,rfhg_99386.1,rfhg_99389.1,rfhg_99390.1,rfhg_99391.1,rfhg_99392.1
HIV.1.control 4.9e-03 1.0e+00 500 50 2 241049 rfhg_80360.1,rfhg_80361.1
Urokinase.plasminogen.activator.surface.receptor.levels 8.3e-03 1.0e+00 500 4 1 241049 rfhg_65060.1
L.arginine.levels 8.3e-03 1.0e+00 500 4 1 241049 rfhg_65060.1
Circulating.chromogranin.peptide.levels 1.0e-02 1.0e+00 500 5 1 241049 rfhg_65060.1
Well.being.spectrum.multivariate.analysis 1.2e-02 1.0e+00 500 229 3 241049 rfhg_45885.1,rfhg_45886.1,rfhg_80457.1
Interleukin.1.beta.levels 1.2e-02 1.0e+00 500 79 2 241049 rfhg_11778.1,rfhg_11797.1
Prostate.cancer 1.3e-02 1.0e+00 500 436 4 241049 rfhg_27238.1,rfhg_27239.1,rfhg_27243.1,rfhg_28908.1
Stroke.ischemic 1.4e-02 1.0e+00 500 7 1 241049 rfhg_156440.1
Male.pattern.baldness 1.8e-02 1.0e+00 500 480 4 241049 rfhg_147985.1,rfhg_231387.1,rfhg_109828.1,rfhg_109829.1
Testicular.germ.cell.cancer 2.3e-02 1.0e+00 500 11 1 241049 rfhg_147985.1
White.coat.effect.clinic.systolic.blood.pressure.minus.ambulatory.systolic.blood.pressure 2.9e-02 1.0e+00 500 14 1 241049 rfhg_187673.1
Renal.underexcretion.gout 3.1e-02 1.0e+00 500 15 1 241049 rfhg_156440.1
Depression.broad 3.4e-02 1.0e+00 500 338 3 241049 rfhg_80360.1,rfhg_80361.1,rfhg_80457.1
Occipital.lobe.volume 3.5e-02 1.0e+00 500 17 1 241049 rfhg_13513.1
Prostate.specific.antigen.levels 3.7e-02 1.0e+00 500 18 1 241049 rfhg_147985.1
Response.to.antidepressants.symptom.improvement 4.1e-02 1.0e+00 500 20 1 241049 rfhg_107241.1
Calcific.aortic.valve.stenosis 4.3e-02 1.0e+00 500 21 1 241049 rfhg_18056.1
Cognitive.decline.age.related 4.5e-02 1.0e+00 500 22 1 241049 rfhg_213299.1
Cancer 4.7e-02 1.0e+00 500 23 1 241049 rfhg_13513.1
Testicular.germ.cell.tumor 4.8e-02 1.0e+00 500 168 2 241049 rfhg_174369.1,rfhg_174370.1

Retrieved from "https://reftss.riken.jp/reftss/index.php?title=Test&oldid=2328851"